Nathan Zegerius leefde als joodse jongeman gedurende bijna twee jaar ondergedoken in zijn geboorteplaats Amsterdam. Vanaf juli 1942 werden op verschillende data zijn moeder, twee zusters en twee van zijn drie broers opgepakt, via kamp Westerbork gedeporteerd en omgebracht in de vernietigingskampen Auschwitz en Sobibor. Korte tijd nadat tijdens zijn afwezigheid op zijn onderduikadres zijn familielid André en de (joodse, gemengd-gehuwde) onderduikgeefster R. van Hoorn-Groenteman waren gearresteerd als gevolg van het verraad van Ans van Dijk, reisden Zegerius, Simon van Hoorn (zoon van de onderduikgeefster) en diens vriendin naar België. Onderweg werd Zegerius bij een treincontrole in Dordrecht gearresteerd en ingesloten in Konzentrationslager Herzogenbusch (kamp Vught). Op 26 mei 1944 werd hij – inmiddels was duidelijk dat hij joods was – overgebracht naar kamp Westerbork en als strafgeval ingesloten in barak 67, de strafbarak. Waarschijnlijk was hij, samen met Leon Aronson en anderen, in de maanden die volgden illegaal actief binnen het kamp. In augustus 1944 werd hij, samen met L. Beek, A. Bronkhorst, G.J. Sanders en Aronson, in een Sondertransport overgebracht naar de Aussendienststelle van de Sicherheitspolizei in Amsterdam. Op 15 augustus 1944 werden de vijf mannen in het duingebied bij Overveen gefusilleerd.