Ir. Jan van Welij trad in augustus 1938 – teruggekeerd uit Nederlands-Indië – als (reserve) eerste-luitenant in blijvende militaire dienst (6e Regiment Veldartillerie) in de Doelenkazerne in Leiden. Tijdens de meidagen in 1940 nam hij, onder meer als batterijcommandant, deel aan gevechtshandelingen bij Valkenburg (ZH), Sassenheim en Delft. Na de capitulatie ging hij over naar de Opbouwdienst; in maart 1941 werd hij onderhopman bij de afdeling Werken van de Nederlandse Arbeidsdienst (in o.a. ’s-Hertogenbosch en Nunspeet). Binnen de NAD behoorde hij tot een op verzet gerichte groep rond J.A.C. Stokmans. Tevens was hij lid van de OD. Op demonstratieve wijze weigerde Van Welij – inmiddels arbeidsleider – aan zijn commandant de in oktober 1943 voor het NAD-kader verplicht gestelde Germaanse groet (met het gebaar van de Heil Hitler-groet, maar zonder deze woorden) te brengen. Na in september 1944 te zijn gedeserteerd, dook hij onder in Amsterdam (bij OD’er Ch. Dessing aan Engelse Pelgrimsteeg 1 en bij A.C. Naarstig) en trad hij als bewapeningsofficier toe tot de OD/BS. Op 16 februari 1945 liep hij, met een opdracht in Hoorn, in een woning in handen van de Landwacht, die hem arresteerde. Via Alkmaar werd hij overgebracht naar het HvB-Weteringschans in Amsterdam en op 8 maart 1945 gefusilleerd.