Jaap Wagenaar had voor de oorlog een goed renderend bloembollenbedrijf in Heiloo en deed veel zaken met de VS. Sedert 1943 aangesloten bij de LO-Alkmaar, verzorgde hij onderduikers en distribueerde bonkaarten. Daarnaast verrichtte hij spionagediensten. In 1944 zorgde hij als KP’er via relaties voor wapens en munitie. In september 1944 werd hij in BS-gewest 11, 1e sectie Gewestelijke Stormtroepen, aangesteld als groepscommandant. In de nacht van 10 op 11 oktober 1944 was hij, op weg naar het afwerpterrein ‘Lobster’ in de Wogmeer om gedropte wapens op te halen, bij de brug te Rustenburg betrokken bij een vuurgevecht tussen BS’ers, Landwachters en enkele Duitsers. Ondanks het feit dat hem een duim werd afgeschoten, zag hij kans te ontkomen en onder te duiken bij zijn zuster Geertje en zwager Arie Frans in hun boerderij in Heiloo. Als gevolg van verraad van een bij Wagenaar verblijvende Zeeuwse evacué, vond hier op oudejaarsavond 1944 een inval plaats door Landwachters. Wagenaar wist te ontvluchten, maar werd bij de achtervolging zodanig gewond aan een been dat hij moest opgeven en gearresteerd werd. Zijn zwager werd dezelfde nacht doodgeschoten. Wagenaar werd gewond opgenomen in het Marine-Lazarett in Heiloo. Op 3 februari 1945 werd hij, na diverse verhoren, overgebracht naar het HvB-Weteringschans in Amsterdam en de volgende dag in Naarden gefusilleerd.