Jacob Schipper nam tijdens de meidagen in 1940 als beroepsmilitair – sergeant-majoor instructeur van het 21e Regiment Infanterie – in Rotterdam-Overschie deel aan gevechten tegen vanuit Den Haag optrekkende geparachuteerde Duitse militairen. Kort na de capitulatie sloot hij zich in zijn woonplaats Amersfoort aan bij de OD. Op 26 maart 1942 werd hij gearresteerd in verband met zijn OD-activiteiten. Na scherpe verhoren in het Oranjehotel in Scheveningen werd hij op 9 juli 1942 wegens gebrek aan bewijs vrijgelaten (zijn directe chefs waren begin mei, na het 1e OD-proces, gefusilleerd). Hierna zette hij zijn OD-werk voort en ging hij zich, vanaf 1943 in LO-verband, ook bezighouden met de verzorging van onderduikers. In september 1944 werd hij BS-compagniescommandant in Amersfoort en ging hij ook het illegale blad Oranje-Bulletin verspreiden. Op 23 november 1944 – enkele dagen na de arrestatie en fusillade van enkele leden van de Amersfoortse verzetsfamilie Rijper – werden Schipper en zijn 23-jarige zoon in hun woning aan Vermeerstraat 112 gearresteerd. Na eerst gevangenschap te hebben ondergaan in het bankwartier (het voormalige politiebureau) van de Landwacht, werd Schipper overgebracht naar de ‘bunker’ van kamp Amersfoort en later naar het HvB-Weteringschans in Amsterdam. Op 15 december 1944 werd hij in Purmerend gefusilleerd. Zoon J.W. Schipper verbleef tot de bevrijding in kamp Amersfoort.