Koen Limperg was in de lente van 1942 medeorganisator van een actie onder architecten om zich niet te melden bij de Kultuurkamer. Hierna maakte hij deel uit van de groep rond G.J. van der Veen en jhr. W.J.H.B. Sandberg, welke zich onder meer bezighield met financiële steun aan principiële weigeraars. Limperg zamelde geld in voor ondergedoken beeldende kunstenaars, verleende hulp aan joodse onderduikers door het vervalsen van persoonsbewijzen en werkte mee aan het illegale blad De Vrije Kunstenaar, dat vanaf mei 1942 verscheen. In het voorjaar van 1943 was hij betrokken bij de voorbereiding van de aanslag op het Amsterdamse Bevolkingsregister: telkens ging hij met een ‘nieuwe’ vraag het gebouw aan de Plantage Kerklaan binnen en tekende vervolgens de benodigde plattegronden. Na de aanslag verleende hij in zijn woning aan Prinsengracht 1009 onderdak aan twee deelnemers, Arondeus en Van Musschenbroek. De volgende ochtend eerde hij beiden bij het ontbijt met een bonbon, waarom een groene krans met het opschrift ‘De Helden’ was gelegd. Hun bij de aanslag gebruikte politie-uniformen verbrandde hij in de cv-ketel, hun wapens begroef hij in de tuin. Op 22 april 1943 werd Limperg in het Bos van Bredius in Bussum gearresteerd en overgebracht naar de Weteringschans in Amsterdam. Op 1 juli 1943 werd hij gefusilleerd.